Die aquatischen Lebensräume sind im Naturschutzgebiet weit verbreitet, da dieses vom Altrhein und dem kanalisierten Rhein umflossen wird und von einem Altrheinarm, dem Bauerngrundwasser durchflossen wird. Des Weiteren befindet sich eine Vielzahl an Tümpeln in dem Gebiet.

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Der Altrhein

Der ehemalige, natürliche Rhein, heute Altrhein genannt, umfließt die Insel im Osten und bildet die Grenze zu Deutschland. Sein Abfluss wird stromaufwärts durch das Stauwehr von Straßburg und stromabwärts vom Kulturwehr reguliert. Der Altrhein befindet sich auf der Migrationsachse zwischen Rhein und Rhône und ist für überwinternde Vögel besonders gut geeignet.

Das Bauerngrundwasser

Das Naturschutzgebiet wird der Länge nach vom Bauerngrundwasser durchflossen. Dieser gewundene Altrheinarm ist charakteristisch für die Gießen des verästelten Rheinabschnitts, in denen im Sommer die Hochwasser des Rheins fließen und die in Zeiten des Niedrigwassers vom Grundwasser gespeist werden. Aber das Bauerngrundwasser ist kein wirklicher Gießen mehr, da es am Rhein keine regelmäßigen Hochwasser mehr gibt. Heute hat das Bauerngrundwasser sämtliche Dynamik verloren und sein Abfluss reicht nicht aus, um den Schlamm, der die Sohle regelrecht erstickt und dieses Gewässer besonders eutroph macht, fortzuspülen.

Der Rhein trägt nur in Ausnahmefällen Hochwasser und der Rohrschollen wird nur im Rahmen der Hochwasserrückhaltung geflutet. Diese Hochwasserschutzmaßnahme dient dem Erhalt der Funktionsweise des Gewässersystems des Gebiets. Sie füllt den Grundwasserspeicher auf und ermöglicht die Ablagerung von fruchtbaren Sedimenten. Diese Flutungen der „Ile du Rohrschollen“ sind momentan mit der Schwierigkeit verbunden, dass diese eher einen „Badewanneneffekt“ haben, der die Lebensräume zu ersticken droht. Trotz der seltenen Hochwasser neigen die Lebensräume dazu, zunehmend trockener zu werden, wodurch sich die Auenlebensräume nach und nach ändern.

Feuchtgebiete

In den tiefer gelegenen Teilen des Naturschutzgebiets, den „Gründen“, befinden sich ungefähr zehn Tümpel und zeitweise überflutete Gebiete. Diese werden vom Regenwasser oder dem Grundwasser gespeist und bieten Lebensraum für eine reichhaltige, abwechslungsreiche Tierwelt, darunter Libellen und Amphibien.